Naime, vijest o osudi iz Zagreba snažno je potresla cjelokupno seljaštvo u Hrvatskoj i Sloveniji. Počeli su se masovno naoružavati i seljačka se buna širila sve većom brzinom. Sveopća pobuna započela je 28. siječnja 1573. i ubrzo se proširila Hrvatskim zagorjem, Kranjskom i Štajerskom. Njihovi ciljevi – ukidanje feudalizma i preuzimanje vlasti u političkom smislu – bili su sve bliži. Međutim, tada se dogodilo nešto što seljaci nisu predvidjeli. Žumberački uskoci, dobro naoružani i iskusni vojnici na koje su računali, nakon kraćega oklijevanja stavili su se na stranu feudalaca i njihova je vojska postajala sve brojnija. Odlučujuća bitka dogodila se 9. veljače 1573. kod Stubičkih Toplica. Kada je Matija Gubec saznao da im se kraljevi vojnici približavaju, odlučio se boriti do kraja, svjestan da će im ta bitka kod Stubice donijeti ili slobodu ili smrt. U početku su se seljaci hrabro borili, ali brojčana nadmoć i opremljenost oružjem svakako nisu bili na njihovoj strani te je poraz bio neminovan. Matija Gubec i Ivan Pasanac dovedeni su u Zagreb i pogubljeni na Markovom trgu.
Matija Gubec okrunjen je užarenom krunom i na kraju – kao najveći razbojnik – raščetvoren. Protiv ostalih zarobljenih vođa bune vođeni su procesi u Beču, Grazu, Ljubljani i Zagrebu, a iako je hrvatski ban Juraj Drašković pokušao spasiti Iliju Gregorića, i on je na inzistiranje Beča pogubljen. Franjo Tahi, kojega su svi vidjeli kao razlog i glavnog začetnika kmetske pobune i zato ga osuđivali, umro je samo nekoliko mjeseci nakon propasti seljačke bune. Pokopan je u župnoj crkvi sv. Trojstva u Donjoj Stubici pokraj supruge Jelene Zrinske.